«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке Смеющийся Человек.

Доктор Кэндзо Тэнма — талантливый хирург, который работает в Германии. Однажды он спасает тяжело раненого мальчика. Этот случай послужит началом череды загадочных убийств, а спустя годы Кэндзо вновь столкнётся с тем, кого он когда-то спас от смерти.

Когда-то двое ученых — доктор Хелл и доктор Кабуто — вели раскопки на острове Бардос в Эгейском море и обнаружили боевых роботов, что охраняли покой древних Микен 3000 лет назад. Доктор Хелл пал жертвой искушения и решил присвоить находку и захватить мир, а для начала уничтожил всех ненужных свидетелей, только Кабуто удалось бежать. В своей токийской лаборатории он спешно завершил проект всей жизни — супер-робота Мазингера Зет, единственную силу, способную противостоять древним исполинам. Тут его и настигли враги под командой приспешника Хелла — барона Асуры. Смертельно раненый Кабуто успел открыть тайну своим внукам — Кодзи и Сиро. Теперь Кодзи — крепкий и решительный парень, новый хозяин Мазингера — принял на себя ответственность за судьбу человечества.