В будущем человечество, столетиями безоглядно эксплуатировавшее природу, пало жертвой своей гордыни. Землю постигла ужасная экологическая катастрофа, процветающие когда-то промышленные цивилизации обратились в прах, а поверхность планеты покрыло гигантское море Леса, испускающее в атмосферу ядовитые споры растений. Оставшимся в живых людям приходится жить в тени Леса и его чудовищных насекомообразных обитателей, пытаясь не допустить распространения вредоносной растительности. Мирная Долина Ветров - одно из царств, образовавшихся на руинах прежних государств. Но безмятежное существование Долины Ветров нарушается, когда маленькая страна становится пешкой в играх крупных воинственных соседей, сражающихся за остатки драгоценных природных ресурсов планеты.

Жил-был Юдзуру Сига — спортсмен, красавец, капитан школьной команды по стрельбе из лука. Хорошо жил, почти забыл уже, считая давним недоразумением, что в детстве родители посватали его за его же кузину Адзусу. Но она давнего обещания не забыла и, оставшись одна после смерти матери, неожиданно переехала к своему «жениху», и уж очень ей не понравилась Сатоми, его нынешняя девушка.

В этом фильме Марио и Луиджи — владельцы продуктового магазина. Однажды ночью Марио попадает в видеоигру. Внезапно на экране телевизора появляется Принцесса Персик, которая зовёт на помощь, отбиваясь от врагов, и выпрыгивает из пластиковой коробки. Марио тут же влюбляется в нее и обещает защитить Принцессу. Однако, не успевает наш герой договорить свою речь, как на злосчастном экране появляется Боузер и начинает выбираться из него. Он хватает Принцессу Персик и забирает с собой. Ошеломленный, Марио обнаруживает небольшую брошку, которую Персик оставила на полу, и на следующий день решает более подробно изучить ее. Луиджи замечает у Марио украшение и называет его «Мистическая драгоценность из Страны Сокровищ». Вскоре после этого Кибиданго — маленькая собачка, забредшая в магазин — успешно крадёт брошь, что приводит Марио в гнев. Таким образом и начинается путешествие Марио, Луиджи и Кибиданго в Грибном Королевстве.