Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности. Между двумя группами возникает соперничество.

Действия разворачиваются в 2027 году, через год после окончания неядерной войны. Нью-Порт Сити продолжает восстанавливаться после войны, когда внезапно подвергается бомбардировке самоходными минами. Тогда же оказывается, что военный чиновник, замешанный в деле со взятками и продажей оружия, был застрелен. Во время расследования глава отдела публичной безопасности, Дайсукэ Арамаки, сталкивается с Мотоко Кусанаги, назначенной в 501-ый секретный отдел. Бато подозревает, что в недавних событиях замешана Кусанаги, которая не пострадала при бомбардировке. Детектив полиции префектуры Ниихамы Тогуса расследует два дела об убийстве. Мотоко же находится под постоянным наблюдением главы 501-го секретного отдела, Куруцу, и агентов-киборгов.

Третья часть ответвления франшизы под заголовком «Вознесение» и сюжетное продолжение аниме-фильма «Призрак в доспехах: Вознесение — Говорящая с призраками». Мотоко Кусанаги и Бато пытаются остановить террористическую организацию, символ которой — это древнегреческое чудовище Сцилла. Параллельно с этим Тогуса расследует дело об убийстве человека, который носил протез, изготовленный корпорацией «Нога Русалки». Есть ли связь между этими происшествиями — остаётся тайной.