Прошло 2 года с того дня, как Мотоко Кусанаги ушла из 9-го отдела. Новым лидером стал Тогуса, расширив штат отдела до 20 оперативных работников. Обновленный состав сталкивается с серией странных случаев, которые выводят их на высококлассного хакера под ником «Кукольник». В разгар расследования Бато сталкивается с Мотоко. Уходя, она говорит лишь держаться подальше от Solid State Society — общества, обеспечивающее стабильность государства. Бато остается лишь гадать, может Мотоко и есть Кукольник? С каждым новым случаем отдел шаг за шагом приближается к разгадке. Но кто же — Кукольник? Что будет с отношениями между Бато и Мотоко? И какая правда скрывается за этими тщательно спланированными преступлениями?

В мире «Небесных скитальцев» воюют только профессионалы. Война из ужаса и проклятия превратилась в ремесло, и управляют ей транснациональные корпорации. А для настоящего ремесла требуются должные инструменты — ими стали генетические модифицированные люди, килдрены. Они не стареют, не болеют, во внешности и душе — всегда молоды, практически бессмертны и блестяще пилотируют самолёты. Главный герой, пилот-килдрен Юичи Каннами, прибывает на военную базу Урису, чтобы воевать за корпорацию «Росток». Он постепенно включается в жизнь базы, участвуя в боях и одерживая одну победу за другой, под командованием командира базы Суйто Кусанаги. Постепенно его начинают беспокоить странные намёки своих товарищей о смерти своего предшественника-пилота. Он сближается с Кусанаги и начинает искать ответы на свои вопросы. Вот только что они принесут ему? Фильм основан на одноимённой серии романов Хироси Мори.