Сюжет аниме основан на одноименной игре "Bayonetta" компании Platinum Games. Очаровательная главная героиня - Байонетта - единственная оставшаяся в живых представительница могущественного клана ведьм. Пытаясь разузнать хоть что-нибудь о своем прошлом, она отправляется в путешествие по Европе - но вместо ответов получает новые вопросы. Путь к истине будет нелегким...

Сюжет фильма повторяет (с некоторыми изменениями) арку о Бенизакуре.

Юту Оккоцу преследует призрак его подруги детства, которая погибла в ДТП. Однако она вовсе не та милая девушка, какой была Рика до смерти, а чудовищное и могущественное существо. Не в силах контролировать агрессивное поведение Рики, Юта бессилен остановить кровопролитие, которое следует за ее жестокой местью. Поэтому, когда его хватают маги, владеющие джиу-джицу, Юта только рад, что больше никто не пострадает. Задержавший его мастер Сатору Годзё заставляет юношу поступить в старшую школу джиу-джицу, чтобы научиться управлять Рикой и помогать людям. Однако вскоре Юта узнает, что злые духи — не самое опасное, что есть в мире.

На момент повествования истории время года уже сменилось, и вскоре настанет весна. Тацуя и его сестра Миюки окончили свой первый год в Первой Магической Школе, и теперь наконец-то могут отправиться на весенние каникулы. Парочка собрались расслабиться на своей вилле, расположенной на острове Огасавара. Но только брат с сестрой начинают наслаждаться долгожданным отдыхом и покоем, как оба встречают молодую девушку, представившуюся Кокоа. Из рассказанной ею истории Тацуя и Миюки узнают, что Кокоа сбежала с военно-морской базы. Однако и тут не все так просто: загадочная особа просит Тацую исполнить одно ее желание.

2017 год по республиканскому календарю. Европа. 132-я дивизия армии Союза Европейских республик пошла на врага в надежде отбить Санкт-Петербург, однако британские военные узнали об этом и устроили засаду. В Нарве дивизию взяли в кольцо. Несмотря на численное превосходство противника, специальное подразделение «В-0» Японии, состоящее из парней и девушек так называемой Одиннадцатой зоны, начало операцию по спасению отрезанной дивизии. Шанс на успех операции был практически равен нулю. Среди «счастливчиков», входящих в состав «В-0», был и Акито Хюга — одиннадцатый и пилот найтмэра, ранее известного как Призрак Ганнибала. Именно он — скрытое оружие специального подразделения «Отряд Виверн», и далеко не так прост, как может показаться на первый взгляд. Что же ждёт «Отряд Виверн» во главе с Лейлой Малкал, так обеспокоенной проблемой одиннадцатых?