Жрицы Мотры в компании трёх ребят отправляются на поиски затерянного подводного города Нилвай Кинай. Там они планируют отыскать мифическое сокровище, которое даст шанс победить смертоносного морского монстра Дагару, появившегося благодаря плачевной экологической обстановке на планете.

Японские шахтёры случайно вызволяют из подземного плена огромного трёхголового монстра Десгидору, ранее уже успевшего уничтожить марсианскую цивилизацию. На битву с Десгидорой выдвигается извечная защитница Японии — гигантская бабочка Мотра.

Жрицы Мотры, предсказавшие скорое возвращение «короля ужаса», оказываются правы — у берегов Японии вновь объявляется дракон Гидора, заклятый враг Мотры. Гидора силён как никогда прежде, поэтому чтобы одолеть его, приходится прибегнуть к хитрости. Решено транспортировать Мотру в прошлое, во времена динозавров, чтобы победить ещё молодого и не такого могучего Гидору.

Оставшийся без матери мальчик заботится о новорожденной черепашке, чтобы отвлечься от своего горя. Но черепашка растет слишком быстро, и возникают подозрения, что это Гамера. Когда гигантский монстр Зедус нападает на город, теперь уже взрослая Гамера смело вступает с ним в сражение ради мальчика.