Через три года после поражения Горгульи и Нео-Атлантиды появилась новая угроза, стремящаяся взять мир под свой контроль. Гейгер, используя передовые технологии роботов, пытается начать мировую войну и взять под свой контроль опустошенный мир после того, как разрушения прекратились. И снова Надя и Джин должны бороться, чтобы спасти мир, только на этот раз от самого себя.

В 26-ом столетии человечество расселилось уже по всему космосу и обнаружило древние реликты внеземной цивилизации. Раскопки и изучение этих реликтов полностью монополизировала корпорация Богэн, поэтому всем остальным приходится довольствоваться только опустошёнными руинами да мелкими находками. Однако благодаря утечке данных из сети Богэн небольшая команда тележурналистов смогла произвести сенсацию, показав кадры настоящего чужого, которого поймала корпорация. Молодая Шана Т, принимающая участие в документальных съёмках о внеземной цивилизации, мечтает встретиться с представителями внеземной расы и выучить их язык. И когда Торюн, чужой запертый в лабораториях Богэн, случайно видит в одной из передач Шану, то хочет непременно встретиться с ней. Похоже, что Шана имеет какую-то связь с древней внеземной цивилизацией. Вот только корпорация Богэн не собирается просто так отпускать Торюна.

Март 1854 года. Япония уже два столетия является закрытой страной, изолированной от остального мира. Данное обстоятельство не приемлемо для правительства США, которое готово применить вооруженное давление, с целью принудить Японию к сотрудничеству. Для этого, к берегам страны восходящего солнца отправляют военный флот во главе с коммодором Мэттью Перри, который должен убедить руководство Бакуфу подписать мирное соглашение между двумя державами. Не только США желает обрести торговые и политически связи с Японией – Россия отправляет свою делегацию во главе с вице-адмиралом Ефиом Васильевичом Путятином. Но подписание договоренностей между Японией и Россией затягивается…. Наступает время тяжелых политических отношений между тремя великими державами.