«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке Смеющийся Человек.

Три сестры — Минами, Усио и Юхи — прибывают на изолированный остров в южной части Тихого океана под названием Берроц. На острове сёстры встречают бога Неорангу, которому поклоняются местные островитяне и считают его хозяином всего острова. Неоранга становится хранителем сестёр и отправляется вместе с ними в Японию. Они начинают использовать его в своих целях, и из-за этого у сестёр возникают проблемы с окружающими их людьми. К тому же содержать и делить между собой бога не так-то просто.

Загадочные беловолосые дети появляются в Европе раз в сто лет. На вид им по 11 лет, но они ведут себя как взрослые, не стареют и, по слухам, обладают сверхъестественными способностями. Эти дети ищут девочку, и единственный ключ к её поиску — это загадочный медальон с полумесяцем.