Действие сериала проиcходит в Малом Токио — городе, где традиционное встречается с футуристическим. Город населён разнообразными антропоморфными животными из крови и плоти, у многих из которых, однако, имеются кибернетические части тела. Официально, правителем Малого Токио является Император Фред. Но после того, как были удалены его зубы мудрости, он сошёл с ума. Позади консула находится премьер-министр Сеймур «Большой» Сыр, который постоянно пытается свергнуть Принцессу и консула, таким образом став Императором Малого Токио. Только командир Дворцовской Охраны — Аль Денте — знает о тайных коварных планах Большого Сыра. Однако, из-за недостатка доказательств, его единственный выбор — предотвращать исполнение планов Сеймура. Для этого он нанимает троих юных котов-воинов, Samurai Pizza Cats. Каждый из них обладает своими навыками и оружием, которые помогают им защитить граждан Малого Токио, как правило от гигантских роботов Сеймура Сыра.

В каждом эпизоде рассказывается своя история, которая является смесью фэнтези, научной фантастики, драмы или ужаса, часто заканчивающейся жуткой или неожиданной развязкой.

Главный герой - восьмилетний мальчик Артур. Сюжет мультфильма разворачивается вокруг его жизни, где он сталкивается с настоящими проблемами, которые отнюдь не такие детские, как кажется на первый взгляд. Взаимоотношения с родителями и друзьями, обман, предательство, дружба и даже любовь.