Альтернативная реальность, соответствующая началу XX века. В руках девочки по имени Сита находится Летающий Камень. За ним охотятся агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита встречает Падзу, своего ровесника, работающего в шахтерском городке. Вместе дети выясняют, что Камень — ключ к таинственному летающему острову Лапута.

Далёкое будущее. После изобретения варп-навигации в течение нескольких веков человечество расселилось по космосу. В результате образовались многочисленные планетарные нации. Во время экспансии люди встретили представителей других цивилизаций, таких как Сава и Сэгуру. После множества циклов войны и мира множество наций подписали Договор о Межзвёздном Альянсе. И, наконец, установился долгожданный мир. 120 лет назад от показываемых событий была основана Космическая Академия — предвестник новой эры. Это элитное учреждение аккумулирует лучшие научные достижения и предназначено для воспитания лидеров будущего. Выпускники академии занимают высшие руководящие посты в обществе. Множество кандидатов с Терры, Савы, Сэгуру и других планет пытаются поступить в академию. Вступительные экзамены в которую проходят раз в 3 года. Последнее испытание кандидаты проходят группами по 10 человек. Но когда группа Тады прибывает на место проведения заключительного экзамена, они с ужасом обнаружат, что их 11!

Сестры Сацуки и Мэй переезжают вместе с папой в деревенский дом. Однажды девочки обнаруживают, что по соседству с ними живут лесные духи — хранители леса во главе со своим могущественным и добрым повелителем Тоторо. Постепенно Тоторо становится другом девочек, помогая им в их повседневных приключениях.

Большой корабль инопланетян завис в небе над Токио за три года до описываемых событий. Односторонняя война Японии с пришельцами нанесла вред только самой стране и её экономике, не причинив ущерба таинственным и, казалось бы, безвредным гостям из космоса. Но противостояние Японии с инопланетянами — лишь фон истории про самых обычных старшеклассниц со своими проблемами, которые живут так, будто ничего не изменилось с появлением пришельцев.

В будущем человечество, столетиями безоглядно эксплуатировавшее природу, пало жертвой своей гордыни. Землю постигла ужасная экологическая катастрофа, процветающие когда-то промышленные цивилизации обратились в прах, а поверхность планеты покрыло гигантское море Леса, испускающее в атмосферу ядовитые споры растений. Оставшимся в живых людям приходится жить в тени Леса и его чудовищных насекомообразных обитателей, пытаясь не допустить распространения вредоносной растительности. Мирная Долина Ветров - одно из царств, образовавшихся на руинах прежних государств. Но безмятежное существование Долины Ветров нарушается, когда маленькая страна становится пешкой в играх крупных воинственных соседей, сражающихся за остатки драгоценных природных ресурсов планеты.