Шамиль Наджафзаде родился 13 ноября 1960 года в городе Баку, в семье Заслуженного художника Азербайджанской ССР Кямиля Наджафзаде. В 1978 году, завершив учёбу в Азербайджанском государственном художественном училище им. А. Азимзаде, поступает на художественный факультет Всесоюзного Государственного института кинематографии в городе Москва. Учась в мастерской народного художника СССР, профессора Михаила Богданова (художника-постановщика фильмов «Война и мир», «Коммунист»), посещает также занятия режиссёрских и актерских мастерских Народных Артистов СССР Сергея Герасимова и Евгения Матвеева. В 1984 году, окончив институт с отличием, начинает работать на киностудии «Азербайджанфильм». В качестве художника-постановщика участвовал в создании семи художественных фильмов С 1990 года выступает как режиссер-постановщик художественных, документальных и анимационных фильмов, в основном по собственным сценариям. В 2007 году был членом жюри полнометражных художественных фильмов Х кинофестиваля независимого кино «Чистые Грёзы» в Санкт-Петербурге.