Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.

Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр — не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обоих сторон. Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения. Во всей этой неразберихе теряется Микеланджело со скипетром. И теперь черепашкам нужно не только спасти Эйприл, но и вернуть скипетр. В нашем времени в этот момент тоже совсем не скучно.

Дженни приезжает в город, где знакомится с Линни. Девушек объединяет любовь к танцам вообще и к «Танцам на TV» в частности. И когда объявляется конкурс на лучшую танцевальную пару, то девочки решают принять участие в нем. Но есть одна проблема — отец Дженни никак не одобряет такой выбор дочери.

Император Внеземелья Шао Кан прибывает на Землю, чтобы лично предупредить ее жителей о своих намерениях: уничтожить мир земной, и сделать все это за семь библейских дней. В числе его подручных — роботы, обладающие инстинктами и приемами ниндзя, четырехрукая дева Шива и звероподобный человек Мотарро. Но им противостоят герои Земли во главе с самим лордом Рейденом… Ожидается фейерверк единоборств!