Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.

Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.

После курьезной автокатастрофы, Стю, молодой талантливый художник-мультипликатор впадает в кому. Его сознание отделяется от тела, и он погружается в царство Морфея. Ему снятся всякие мультипликационные кошмары, самый страшный из которых как две капли воды похож на его последнюю разработку — безумную похотливую мартышку. Путешествуя по лабиринтам подсознания в обнимку со своими новыми друзьями, мутантами, упырями и конечно мартышкой, Стю пытается найти выход из этого гротескного нереального мира, в котором он оказался. Но когда у Стю появляется редчайшая возможность покинуть этот кошмар и проснуться, наглая мартышка подло обманывает его и вселяется в его тело. Любимая девушка и друзья Стю очень рады его возвращению. Конечно, они замечают произошедшие с ним перемены, но никто и не догадывается, что внутри Стю скрывается наглая, распущенная, подлая, но очень веселая обезьяна.

Уронив енота в пропасть и успокоив сердце в высокогорном буддийском монастыре, Эйс Вентура приступает к новому заданию. Его приглашают найти пропавшую священную летучую мышь (единственное животное, которого боится главный герой) африканского племени в Нибии. Если мышь не найти, племя уверено, что их всех постигнет ужасная смерть. Эйс приезжает в Нибию и начинает расследование.