Главный антигерой - Джо Кэрролл, бывший профессор колледжа, который преподавал работы Эдгара По и параллельно убивал молодых женщин во славу романтизма, пока не был пойман. С того момента он провел множество часов за компьютером в тюремной библиотеке, создавая социальную сеть из убийц-подражателей, которые исполняют любую его команду. Сериал начинается с того момента, когда Кэрролл спасается от смертной казни с помощью своих последователей, и ФБР, в свою очередь, приглашает Райана Харди, который схватил Джо в первый раз, для консультирования в деле его поимки.

Рэймонд Реддингтон по кличке «Рэд», бывший правительственный агент, долгие годы был одним из самых разыскиваемых ФБР преступников. Как вдруг однажды он сам пришел в штаб-квартиру ФБР в Вашингтоне и сдался. При этом он утверждает, что у них с ФБР общие интересы – ловить преступников. В частности, он может помочь агентам поймать одного опасного террориста, но у него есть условие: сотрудничать Рэд станет только с недавно принятой на работу в ФБР Элизабет Кин. Ему идут навстречу, и вот уже герои сериала  вовлекаются в целый ряд событий по поимке террориста. Но каковы истинные намерения Рэймонда? Почему в свои напарники он выбрал именно Лиз, женщину, с которой, по-видимому, у него нет ничего общего? А, может быть, у Лиз имеются свои собственные тайны? Разыскиваемый ими террорист является лишь первым в том «чёрном списке», что за долгие годы составил Реддингтон. В нем есть и другие персоны: политики, бандиты, международные террористы и шпионы. Герой сериала «Черный список» утверждает, что может изловить их всех. Но всё с той же оговоркой: Лиз должна работать с ним вместе. Рэд научит ее думать, как преступник, видеть гораздо больше и дальше, вне зависимости от того, хочет она того или нет.

Один из популярнейших ведущих новостей Майк Генри вынужден бросить работу, чтобы заняться своим здоровьем и уделить время семье. Но спустя четыре года он решает вернуться к своей профессии.

В центре сюжета находится потерявшая свою память девушка, которая оказывается в центре расследования после того, как смогла выбраться из брезентового мешка в самом центре Нью-Йорк Сити на Таймс Сквер. Не имея ни малейшего представления о том, кто она такая, девушка не знает, что обозначают многочисленные загадочные татуировки, которыми покрыто все ее тело. Когда выясняется, что татуировки являются чем-то вроде дорожной карты, к делу подключается ФБР.