Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр — не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обоих сторон. Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения. Во всей этой неразберихе теряется Микеланджело со скипетром. И теперь черепашкам нужно не только спасти Эйприл, но и вернуть скипетр. В нашем времени в этот момент тоже совсем не скучно.

Банда профессиональных убийц, руководимая Эриком Гауссом, начинает уничтожать свидетелей и улики после того, как один из свидетелей стал давать показания против босса мафии Луи Саразена. Среди их жертв оказывается Пол Дамон, сотрудник фирмы, отмывающей мафиозные деньги. Его брат Джонни — охотник за преступниками, объявленными в розыск — приезжает в Лос-Анджелес и оказывается в самой гуще событий. Теперь в поисках негодяев у него есть и личный мотив.