Группа исследователей, проводя на тропическом острове эксперименты, связанные с контролем над погодой, натыкается на выводок огромных богомолов. Несмотря на это, учёные решают продолжить свою работу, в результате чего богомолы становятся ещё больше и агрессивнее. На том же острове оказался и маленький сын Годзиллы, защитить которого от мутантов теперь сможет только папаша.

Трое тинейджеров отправляются на лодке в море, чтобы найти пропавшего рыбака, но попадают в шторм и оказываются на острове, который служит базой для террористической организации «Красный Бамбук». Помимо этого в прибрежных водах острова обитает и гигантский краб Эбира. Победить всех врагов может только Годзилла, который по счастливой случайности тоже оказывается неподалёку.

К 1999 году все гигантские земные монстры (в том числе и Годзилла) оказались пойманы и отправлены на небольшой японский островок для заточения и изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и вновь направить против человечества. Команде астронавтов поручено в срочном порядке найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли с землёй все города планеты.