К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла». Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу — гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра. В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

Жрицы Мотры, предсказавшие скорое возвращение «короля ужаса», оказываются правы — у берегов Японии вновь объявляется дракон Гидора, заклятый враг Мотры. Гидора силён как никогда прежде, поэтому чтобы одолеть его, приходится прибегнуть к хитрости. Решено транспортировать Мотру в прошлое, во времена динозавров, чтобы победить ещё молодого и не такого могучего Гидору.

21-й век стал последним в жизни многих крупнейших городов мира. Добрый десяток всяческих гигантских монстров на куски разнес Париж и Сидней, Нью-Йорк и Шанхай. Организация Объединенных Наций срочно собирается для обсуждения главного вопроса: как уцелеть в этой жуткой схватке с чудовищами… И тут совершенно неожиданно к Земле приближается огромный летающий объект, представители которого сообщают, что нашей планете осталось существовать вполне определенный и очень короткий срок. Потому что из глубин космоса к Земле летит комета, после столкновения с которой наступит натуральный конец света… А между тем во льдах Антарктиды спит мирным сном Годзилла…

Чтобы сражаться с Годзиллой, японские ученые сконструировали два новых вида оружия — высокотехнологичный корабль Грифон и устройство «Приливная волна». Испытание «Приливной волны» совпадает по времени с появлением Мегануронов — стрекозообразных существ, которые питаются энергией человека. Королева Мегагирус, повелительница Мегануронов, монстр высотой метров в 60, готовится напасть на Годзиллу, чтобы поглотить ее энергию. Люди здесь, может показаться, совсем ни при чем, однако от исхода битвы двух супергигантов зависит судьба человечества…

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…