Окончание университета знаменуется поисками работы. Такая участь не миновала Цуругу Такаси и Миву Томохико. Друзьям достаются места в компании, где осуществляют исследования мозга. В жизни Томохино появляется девушка, и он решает познакомить с ней своего друга. Такаси при виде Цуно Маюко отмечает, что во время учебы, он видел её много раз в поезде. К тому же она вызывала у него симпатию. Когда Цуруга проснулся, увидел готовившую завтрак Цуно Маюко. С момента знакомства все они стали жить вместе. Томохико в скором времени попросту исчез, а Такаси приходится задаваться вопросом, что же реально, а что - нет.

В центре сюжета будут Кайто Кид, Макото Кёгоку и Конан Эдогава. Вор Кайто Кид вернётся после своего последнего появления в 19-м фильме «Детектив Конан: Подсолнухи адского пламени». А для непревзойдённого каратиста Макото Кёгоку, одержавшего 400 побед, это будет дебют в полнометражках франчайза. Кёгоку столкнётся с Кидом, когда последний попытается украсть знаменитый сапфир. Конан Эдогава же будет похищен и доставлен вором в Сингапур против своей воли.