Марс, 2071 год. В самый канун Хэллоуина, когда на Земле по улицам ходят ряженые, а дети украшают дом тыквенными головами со свечками внутри, Красную планету постигает страшная трагедия. В результате теракта с применением биохимического оружия массового поражения погибают сотни колонистов. Тот, кто совершил это злодеяние должен понести заслуженную кару, поэтому за поимку мерзавца назначается огромная премия. А там, где есть возможность одновременно заработать и совершить благое дело, всегда появляются они — знаменитые на всю Солнечную систему охотники за головами и искатели приключений Джет Блэк и Спайк Спигел. С прошедшего огонь и метеоритные дожди межпланетного корабля «Бибоп» — это как раз те парни, кто могут достать мерзавца и вернуть Марсу мир и покой. Конечно, они в деле! И охота начинается…

Америка, Нью-Йорк. Это именно то место, куда отправились на каникулы трое «избранных» детей — Хикари, Такэру и Мими. Когда ребята решают в очередной раз сфотографироваться, из ниоткуда появляется мистический ветер, который, пролетев полмира, заставил исчезнуть многих «избранных», и сейчас он унёс Мими. Одновременно с этим своего давно пропавшего друга-дигимона ищет таинственный паренёк. Смогут ли оставшиеся «избранные» помочь этому ребёнку? И справятся ли они с новой угрозой?

Очередная угроза снова объявилась в Реальном мире! И на этот раз это Локомон — дигимон-поезд, спешащий попасть к порталу в Цифровой мир. Укротителям придётся в очередной раз спасти мир, а также успеть отпраздновать самый важный день не только для одного человека, но и для всей команды — день рождения Руки.

Фильм берёт своё начало после того, как Такато получает дигимона по имени Гилмон. Мальчик, собираясь на отдых в Окинаву, берёт с собой своего цифрового друга. Там, в Окинаве, они знакомятся с ещё одним укротителем — Минами. Пока друзья отдыхали на пляже, в Японии популярный компьютерный питомец превратился в вирус, заразивший большое количество компьютеров. Такато, выясняя причину такого внезапного заражения, постарается понять, почему другие дигимоны относятся к Гилмону враждебно и связан ли он с происходящим.