В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте — каждый стал учеником одного из легендарных Саннин — трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ — нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.

Во время строительства плотины Куробе обнаруживается какой-то древний артефакт, и для его изучения создаётся специальный исследовательский институт при ООН. Интеллектуалы со всего мира съезжаются в Японию, их дети ходят в специальную международную школу, а человечество совершает неслабый технологический рывок и создаёт гигантских человекоподобных роботов. И тут под воздействием артефакта от векового сна пробуждается самурай по имени Кенноске Токисада Оума, рассказывающий всем про каких-то злобных огров, которые хотят сожрать всех людей.

В детстве Дзин Микурия любил играть в старом синтоистском храме под вечнозеленой священной нагеей. Парень вырос, храм снесли, а дерево спилили. Художник-любитель Дзин, тонко чувствующий природу и не чуждый сверхъестественного, выпросил кусок священного дерева, чтобы вырезать из него статую девушки. Обняв свое творение, Дзин вознес горячую молитву богам, прося их простить людей за неразумие. Разумеется, произошло чудо, и кусок дерева превратился в красавицу по имени Наги – земное воплощение богини-хранительницы окрестных земель.

Через тысячу лет человечество, как предсказывал Руссо, вернулось к истокам. Люди отринули машинную цивилизацию, оставив минимум техники для комфортной жизни на уровне начала XX века. Нет центральной власти - жители обитают в малых городах и поселках в единении с природой. Нефть и атом больше не нужны – в каждой общине есть мастера «дзюрёку», таинственной силы, что мы назвали бы телекинезом. Обладатель такой силы способен выполнить любую физическую работу или использовать свою мощь для защиты сограждан. Дар, который можно пробудить ритуалами, больше похожими на древнюю магию, проявляется где-то к 12 годам. Именно в этот возраст и вступают главные герои сериала…  Саки Ватанабэ жила в городке Камису-66, не зная проблем. Папа – мэр, мама – главный библиотекарь, в школе магии девочка встретилась с друзьями детства Сатору, Мамору, Марией и Сюном, и вскоре дружная пятерка вышла далеко за пределы программы. Тут у любознательных ребят и возникли первые «вредные вопросы»: почему взрослые не любят покидать город? Откуда взялась раса разумных крыс-бакэнэдзуми, якобы верных слуг человечества? Куда пропадают дети, и кому на самом деле принадлежит мир? Ответы на эти и другие загадки привели юных героев к крушению иллюзий и изгнанию, но зато открыли истину, которую чуть позже Руссо сформулировал другой классик: лишь тот достоин жизни и свободы, кто каждый день за них идет на бой!