Простой лодочник, прежде известный под прозвищем Черный самурай, берет под крыло девочку с загадочными способностями, и ему приходится снова выйти на тропу войны.

Таинственные события происходят в океанах по всему миру: киты уничтожают лодки, глубоководные крабы нападают на пляжи, мидии парализуют контейнеровозы. Ранее неизвестный ледяной червь дестабилизирует континентальные склоны в океанах и вызывает цунами. Смертельный патоген распространяется с побережья в питьевой воде. Все больше и больше людей в мире находятся в смертельной опасности. В лихорадочных поисках причин загадочных явлений небольшая группа ученых со всего мира собирается вместе, и ранее немыслимое, наконец, становится несомненным. Ранее неизвестный вид обитает в море, и этот роевой разум атакует человечество. Однако вряд ли кто-то верит исследователям. И вот группа отваживается самостоятельно отправиться на опасную для жизни миссию. Следы ведут их с исследовательским кораблем в вечные льды Северного Ледовитого океана.

После своего недавнего перевода детектив Токо Кисараги начинает службу в первом следственном управлении полиции Токио. Девушка входит в специальную группу, которая занялась расследованием нового дела. В подвале заброшенного здания было обнаружено зацементированное тело. Вскоре в полицию звонит некто, представляясь Тореми, и заявляет, что за этим убийством стоит именно он. Кисараги назначают переговорщиком. Тореми подкидывает намеки и подсказки о произошедшем убийстве, высмеивая и провоцируя полицию. В следующий раз он звонит, чтобы рассказать о новой жертве. И действительно, скоро находят ещё одно зацементированное тело.

Пережив нападение Годзиллы на Сан-Франциско, Кейт в очередной раз потрясена шокирующей тайной. Окруженная чудовищными опасностями, она отправляется в путешествие по миру, чтобы узнать правду о своей семье и таинственной организации, известной как «Монарх».

Япония, начало XVII века. Английский штурман Джон Блэкторн терпит крушение и попадает в закрытую для европейцев Страну восходящего солнца, где проходит путь от пленника на грани жизни и смерти до правой руки борющегося за власть самурая Торанаги.

Детектив из Токио разыскивает в Лондоне своего пропавшего брата, который был связан с якудза и обвинен в убийстве.